Химия белка. Структура, свойства, методы исследования - Шендрик А.Н. 2022
Методы экспериментального исследования структуры белков
Масс-спектрометрия электронного удара
Требования к пептидам анализируемым методом масс-спектрометрии
Низкоразрешающая масс-спектрометрия электронного удара находит достаточно широкое применение для определения аминокислотной последовательности пептидов, подвергнутых ацетилированию или метилированию. Масс-спектрометры, используемые для установления аминокислотной последовательности пептидов должны удовлетворять двум основным требованиям. Они должны иметь высокую чувствительность и регистрировать ионы с массами до 1000 Да.
Длина пептидов, которые можно анализировать методом масс-спектрометрии электронного удара, определяется, в основном, их летучестью и величиной масс образующихся ионов. Обычно, число аминокислотных остатков в пептиде не должно превышать десяти. В случае пептидов, состоящих из остатков небольших гидрофобных аминокислот (глицина, валина, аланина), достаточной летучестью могут обладать и двадцатичленные фрагменты (олигомеры). Более крупные пептиды удается проанализировать методом масс- спектрометрии лишь тогда, когда в ионизирующей камере спектрометра они распадаются термически на более мелкие и хорошо летучие фрагменты.
Величина пробы. Количество пептида, необходимое для установления его аминокислотной последовательности методом масс-спектрометрии определяется, в основном, его размерами, полярностью и способностью к фрагменнтации. Для серийных масс-спектрометров среднего и более высокого классов (например MS-50 фирмы KRATOS или ZAB фирмы VG Analytical) достаточно 30-50 нмоль десятичленного пептида на один анализ.
Чистота образца. Применяемая в настоящее время стратегия установления аминокислотной последовательности пептидов методом масс-спектрометрии разработана для проведенния анализа смесей. Поэтому требования к возможному присутствию примесных пептидов в пробе не более жесткие, чем в классическом дансилэдмановском варианте. Категорически недопустимо при использовании метода масс-спектроскопии присутствие в пробе примесей непептидной природы. Таких как соли, вещества вакуумных смазок и пластификаторы. Например, наличие следовых количеств кремнийорганических соединений из силиконовой смазки практически полностью подавляет ионизацию пептидов электронным ударом.