Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Способы представления поверхности

Николас Дж. Бургойн, Ричард М. Джексон

Ситуация, когда для некого белка известна его структура, но неизвестна функция, является частым следствием современных проектов по структурной геномике. Осмысление свойств поверхности белка - лишь один из нескольких подходов, которые могут быть использованы при описании его функций. Анализ этой поверхности может быть полезен для понимания взаимодействий белка как с нативными биологическими партнерами, так и с лекарственными препаратами. В этой главе мы введем понятие поверхности белка и вкратце расскажем о широко применяемых свойствах этой поверхности, а также использовании этих свойств при введении производных понятий и специальных функций для оценки взаимодействий белков с нативными лигандами, лекарственными препаратами и другими белками

Прежде чем рассматривать вопрос о том, что может нам рассказать поверхность белка о его функциях и взаимодействиях с другими молекулами, стоит определить различные представления поверхности и их смысл. С точки зрения структурной биологии можно дать несколько определений поверхности белка, каждое из которых имеет различные особенности, определяющие их применение. Наиболее используемые способы представления поверхности рассмотрены ниже.