Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Предсказание функций по свойствам поверхности
Консервативность поверхности

Консервативность поверхности, оцениваемая с помощью алгоритма ConSurf, оказалась полезной при предсказании функций некоторых белков. Одним из примеров ее использования является анализ белков лектина С-типа (англ. C-type lectin (CTLs) proteins), находящихся на поверхности клетки и связывающих гликопротеины, вовлеченные в иммунитет и эндоцитоз (Ebner et al. 2003). Эти белки имеют структуру, очень похожую на структуру доменов, подобных лектину С-типа (англ. C-type lectin like domains, CTLDs), но последние не могут связывать функциональные группы углеводов. Анализ всех субъединиц домена с помощью программы ConSurf оказался полезным при выявлении остатков, составляющих консервативную поверхность и определяющих активные центры белков CTL. Такие остатки совершенно отсутствует у доменов, подобных CTL, и это различие было использовано при классификации CTL/CTLD доменов с неизвестной функцией.