Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Пространственные мотивы
Заключение

Структурные мотивы - это паттерны локальной структуры белка, которые обычно связаны с его функцией и опираются на остатки в сайтах связывания или каталитических центрах. Со временем в течении эволюции белки могут расходиться, накапливая случайные изменения, которые не затрагивают их функцию, и оставляют неизменными структурные компоненты, критически важные для этой функции. В идеале структурный мотив должен включать в себя ровно эти функционально критические структурные компоненты и служить чувствительным и специфичным индикатором функции. Для выявления структурных мотивов и поиска их в структурах было разработано много методов. Но по сравнению с разработкой алгоритмов меньший успех был достигнут в создании доступных и индексируемых баз данных структурных мотивов, которые были бы одновременно и функционально специфичными, и охватывали широкий спектр функций. Число еще не аннотированных структур может только возрастать, особенно если включить те, что получены сравнительным моделированием (см. Главу 3). Среди трудностей можно назвать создание дескрипторов функции и подробной структурно-функциональной классификации в такой машинно-читаемой форме, которая не приводила бы к потере в точности или смысле, и разработку полуавтоматических и автоматических методов для включения в эти базы данных непрерывного потока новых последовательностей и структур.

Благодарности. Мы благодарим за поддержку NIH GM60595 и NSF DBI-0234768. Молекулярная графика была получена с использованием пакета UCSF Chimera от Ресурса по биовычислениям, визуализации и информатике в Университете Калифорнии, Сан-Франциско (поддерживается NIH Р41 RR-01081). Мы благодарим Жаклин Фетроу и Стэйси Натсон (Университет Вейк Форест) за предоставление рисунка 8.3 в качестве примера результата из программы анализа мотивов FFF/DASP/PASSS