Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Интегральные серверы для предсказания функции по структуре
ProKnow
Структурные мотивы

После стадии поиска совпадающих укладок пространственная структура белка просматривается на предмет каких-либо структурных мотивов, имеющих прямое отношение к функционированию. Такие мотивы содержатся в базе данных автоматически созданных структурных мотивов RIGOR (Kleywegt 1999). Каждый мотив состоит из “интересного” расположения остатков в PDB-структуре. Для отличия интересных остатков от неинтересных используются три правила: (а) белок содержит n последовательных остатков одного типа (например, четыре последовательных остатка аргинина), (б) ряд соседних остатков целиком гидрофобен, или полярен/заряжен, или является сочетанием гидрофобных и полярных/заряженных, и (в) все остатки, находящиеся в контакте с одним гетеросоединением. ProKnow использует более 10 000 мотивов из базы RIGOR, с каждым из которых связан ГО-терм для соответствующей цепи белка.