Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание структуры белков ab initio
Энергетические функции

В этом разделе будут рассмотрены энергетические функции, используемые для моделирования ab initio. Следует отметить, что часто энергетические функции тесно взаимосвязаны с процедурами поиска, и при разделении этих компонентов процедура моделирования утрачивает свою производительность/достоверность. Используемая классификация функций включает две группы: а) рациональные энергетические функции; б) эмпирические энергетические функции. Принадлежность к определенной группе зависит от того, используются ли статистические данные известных пространственных структур белков. Несколько наиболее перспективных методов из каждой группы, отличающихся точностью моделирования и уникальностью, обсуждаются более подробно. В таблице 1.1 приводится список методов моделирования ab initio, а также информация о таких свойствах различных методов, как энергетические функции, алгоритмы конформационного поиска, методы отбора моделей и характерные времена вычислений.