Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014
Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности
На основании указанных особенностей состава было разработано около 25 методов предсказания неупорядоченности (см. таблицу 5.1 (Ferron et al. 2006; Dosztanyi et al. 2007)). Лучшие методы предсказания по точности приближаются к лучшим алгоритмам предсказания вторичной структуры, а принципы сравнения их производительности уже были изложены.
Таблица 5.1. Программы предсказания неупорядоченности. В таблице перечислены наиболее часто используемые программы, их URL и принципы, на которых они основаны. Подробное описание таких программ можно найти в тексте и ссылках (Ferron et al. 2006; Dosztanyi et al. 2007)
Название |
URL |
Принцип действия |
PONDR VSL2 |
http://www.ist.temple.edu/disprot/predictorVSL2.php |
Метод опорных векторов с нелинейным ядром |
DISOPRED2 |
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred |
Метод опорных веторов, нейронные сети для сглаживания |
IUPred |
http://iupred.enzim.hu |
Оценочная энергия парных взаимодействий |
DisEMBL |
http://dis.embl.de |
Нейронная сеть |
GlobPlot |
http://globplot.embl.de |
Предпочтение аминокислотных остатков образовывать те или иные типы вторичной структуры |
FoldUnfold |
http://skuld.protres.ru/~mlobanov/ogu/ogu.cgi |
Предпочтение аминокислотных остатков |
Foldlndex |
http://bip.weizmann.ас.іl/fldbin/findex |
Предпочтение аминокислотных остатков |
NORSp |
http://cubic.bioc.columbia.edu/services/NORSp |
Предпочтение типов вторичной структуры |
PreLink |
http://genomics.eu.org/spip/PreLink |
Предпочтение аминокислотных остатков + анализ гидрофобных кластеров |