Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание функций БПН
Прогнозирование СМОР

Как было отмечено выше, ЭМОР/СМОР - это короткие функциональные мотивы, участвующие в связывании молекулы-партнера, наличие которых выражено коррелирует с локальной неупорядоченностью в белках (Mohan et al. 2006; Cheng et al. 2007; Vacic et al. 2007). В связи с этим обнаружение таких мотивов в белках имеет большое значение для предсказания функций белков. Показано, что часто такие области обнаруживаются в паттернах неупорядоченности, полученных с помощью методов предсказания, в особенности PONDR VL-XT: они распознаются как нерегулярные элементы и обычно характеризуются нисходящим пиком (см. рис. 5.4). Несмотря на то, что обсуждаемая связь структуры с функцией не проверена статистически, в некоторых случаях локальная область нерегулярной структуры в паттерне неупорядоченности и локальная функциональная область четко установлены. Связи такого рода обнаружены для ингибитора протеиназы IA3 и p21Cip1 (Vacic et al. 2007), нуклеопротеина вируса кори (Bourhis et al. 2005) и многих других белков (Oldfield et al. 2005b; Uversky et al. 2005; Mohan et al. 2006; Vacic et al. 2007).

Рис. 5.4. (Цветную версию рисунка см. на вклейке.) Предсказание ЭМОР/СМОР в белке р53. Паттерн неупорядоченности этого белка был предсказан с помощью программы PONDR VL-XT, предполагающей наличие элементов молекулярного распознавания функций связывания. Положение нерегулярностей (провалов) в графике неупорядоченности совпадает с областями, участвующими в связывании Mdm2 (а), ДНК (б) и тетрамеризации (в), а также с областью в регуляторном домене, которая связывает димер S100B(ßß) (а). Связываемые молекулы показаны синим. (Перепечатано с разрешением Oldfield 2005b. Copyright 2005 American Chemical Society)