Практическая химия белка - А. Дарбре 1989

Рентгеновская кристаллография и электронная микроскопия
Дифракция рентгеновских лучей
Конструирование моделей с помощью средств компьютерной графики

Конструирование моделей молекул с помощью ЭВМ, несомненно, имеет ряд преимуществ перед описанным выше способом, хотя оно и не свободно от недостатков. Компьютерная графика, бурно развивающаяся в настоящее время, способна генерировать изображения структурных элементов молекул (например, аминокислот) и совмещать их с контурами карт электронной плотности. Это достигается тем, что ортогональные изображения или стереопары структурных элементов могут выводиться на экран одновременно с трехмерной картой электронной плотности (рис. 20.11). К преимуществам таких систем следует отнести возможность автоматического уточнения положения аминокислотных остатков, учета вандерваальсовых взаимодействий, а также возможность введения дополнительных обозначений, например прерывистых линий, показывающих расположение водородных связей. Следует признать, что использование средств компьютерной графики предпочтительно, несмотря на высокую стоимость графических устройств и их программного обеспечения, а также существующие в настоящее время ограничения на скорость выполнения расчетов и размеры отображаемых структур. Эти ограничения приводят к тому, что лишь относительно небольшие участки полипептидной цепи могут выводиться на экран.

РИС. 20.11. Структура В5-В8 участка молекулы гормона инсулина, отображенная средствами компьютерной графики. На экран одновременно выведены карта электронной плотности и модель структуры.