Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Взаимодействия белок - лиганд
Лигандсвязывающие центры иммуноглобулинов
Модель связывания в системе иммуноглобулин - лиганд

Иммуноглобулины с известной структурой используются для исследования иммуноглобулинов, обладающих другой специфичностью. Область иммуноглобулинов V_L /V_H можно рассматривать как состоящую из жесткого остова, к которому присоединены гипервариабельные цепи. Это создает основу для сравнительного анализа систем иммуноглобулин — лиганд путем построения модели с использованием координат остова (по областям известной структуры V_L/V_H)и аминокислотных последовательностей гипервариабельных областей анализируемого иммуноглобулина. Первым белком, исследованным с помощью такого подхода [291, 620], был белок IgA МОРС 315 миеломы мыши, который, как известно, присоединяет производные 2,4-динитрофенила. Полученные результаты были впоследствии уточнены Дьюком и сотр. [621], которые применили построение модели в сочетании с изучением ядерного магнитного резонанса, электронного парамагнитного резонанса и реакций химической модификации.

* Буквами Н и L обозначены соответственно тяжелая (heavy) и легкая (light) цепи.

В принципе возможен систематический анализ любой системы иммуноглобулин — лиганд. Исследование моделей связывания может проводиться систематическим образом, поскольку у млекопитающих, например кроликов или коз, синтез антител может индуцироваться по отношению к любой специально подобранной молекуле (с низкой или высокой молекулярной массой). Используя аффинную хроматографию, получаемые антитела затем очищаются. Как правило, эта процедура приводит к вырожденному иммунному ответу, т. е. к синтезу нескольких видов антител несколькими клонами так называемых клеток плазмы [542]. Эти антитела отличаются константами сродства к лиганду, что проявляется также в химических, спектральных и иммунологических свойствах центров связывания. Последующие анализы аминокислотной последовательности показали, что различия вызваны аминокислотными заменами в гипервариабельных областях доменов V_L и V_H [622]. На первый взгляд кажется, что вырожденный ответ должен усложнить пространственную организацию центров связывания. В действительности, однако, в этом случае возможно объединить и взаимно контролировать данные по нескольким центрам связывания, что заметно увеличивает вероятность нахождения правильных моделей.