Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982
Предисловие редактора перевода
Аминокислоты
Почему именно эти аминокислоты?
Коллинеарная взаимосвязь между нуклеиновыми кислотами и полипептидами
Эмпирические аналогии между аминокислотными остатками
Структурная роль пептидной связи
Взаимодействия, определяющие структуру белка
Дисперсионные силы и отталкивание электронных оболочек
Электростатические взаимодействия
Ковалентная структура белков
Ансамбли цепей
Функциональные и структурные домены
Три основных физиологических вида белковых молекул
Роль мостиков S-S во внеклеточных и внутриклеточных белках
Дисульфидные мостики как составные части структуры белков
Модификации главной цепи, контролируемые ферментами
Специфическое расщепление полипептидной цепи
Сигнальные последовательности в пробелках
Контролируемые ферментами модификации боковых цепей
Поперечные связи на основе модифицированных остатков Lys
Другие разновидности реакций модификации
Способы свертывания и ассоциации полипептидных цепей
Способы свертывания и ассоциации полипептидных цепей
Вторичная структура
Реверсивные повороты пептидной цепи
Сверхвторичные структуры
β-Зигзаги и другие особенности β-структур
Структурные домены
Корреляция между близко расположенным в последовательности остатками
Способы свертывания и ассоциации полипептидных цепей
Контакты между субъединицами в дегидрогеназах
Специфичность взаимодействия белок-белок
Предсказание вторичной структуры по аминокислотной последовательности
Вероятностные методы
Склонность остатка встраиваться во вторичную структуру
Склонность двух остатков одновременно встраиваться во вторичную структуру
Склонность трех остатков встраиваться во вторичную структуру
Физико-химические методы
Методы, основанные на статистической механике
Mетоды, основанные на стереохимических данных
Применение предсказательных методов
Оценка предсказательных методов
Произвольность выбора параметров
Замечания общего характера
Качество предсказания и локальные взаимодействия
Успех предсказания и центры свертывания
Предсказание как аналитический метод
Модели, изображение и документация белковых структур
Данные о строении белка
Представление полной структуры
Абстрактные представления о свертывании цепи
Графики для углоз основной цепи
Карты расстояний между Са-атомами
Термодинамика и кинетика свертывания полипептидной цепи
Термодинамические аспекты
Переход между двумя термодинамическими состояниями цепи
Баланс энергетических вкладов в глобулярном белке
Тепловые флуктуации в белковых структурах
Нативнее состояние: глобальней или локальный энергетические минимумы?
Быстрота, безошибочность и ограничения свертывания in vitro
Структурные элементы в несвернутых цепях
Моделирование процесса свертывания
Специализация белков Частота допустимых мутаций
Специализация белков
Критерии фиксации аминокислотных замен в белках
Вероятность мутаций аминокислотных остатков
Влияние замен аминокислот на динамику свертывания
Замены аминокислот как эксперименты, проведенные природой
Филогенез на основе структур белков
Белки, удобные для филогенетических исследований
Эволюция поведения и морфологии в сравнении с эволюцией белка
Дифференциация белков
Построение филогенетического дерева для вазотоцина, скситоцина и вазопрессина
Трипсиноподобные сериновые протеазы
Иммуноглобулины, антигены трансплантации и пероксид-дисмутаза
Морфологическое сходство глобинов и цитохромов b
Слияние генов
Обнаружение отдаленных родственных связей
Сравнение аминокислотных последовательностей
Взаимодействия белок - лиганд
Лигандсвязывающие центры иммуноглобулинов
Модель связывания в системе иммуноглобулин - лиганд
Системы иммуноглобулин - лиганд как модели прочих взаимодействий белок - лиганд
Центры связывания субстрата сериновых протеаз
Образование комплекса химотрипсина с субстратом
Центр связывания субстрата в трипсине
Влияние группы гема на структуру белков
Химические превращении атома железа гема в микросреде белка
Лиганды гема как пусковые системы структурных изменений гемоглобина млекопитающих
Центры связывания нуклеотидов
NAD-связывающие центры дегидрогеназ
Нуклеотидсвязывающие центры других белков
Индуцированное соответствие в аденилаткиназе
Центры связывания фосфорильных групп
Взаимодействия белков с другими макромолекулами
Структурные основы механизма, действия и функции белков
Каталитический механизм химотрипсина
Эффекты, способствующие высоким скоростям реакций
Биологические и медицинские аспекты действия и функции белков
Белки как функциональные составляющие организма
Развитие новых функций на основе старых белков
Скелетная мышца - система, в которой действие белка можно связать с общей деятельностью органа
Структурная и функциональная организация сократительных белков
Отклик на нервные импульсы и гормональное действие в клетке мышцы
Статистическая механика перехода спираль - клубок
Функция распределения
Вероятность данной конформации остатка
Модель Зимма - Брэгга для перехода спираль - клубок
Содержание спиральных остатков в гомополимере
Число и длина спиральных сегментов
Сравнение с экспериментальными данными Кривые перехода спираль - клубок и модель Зимма - Брэгга