Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982
Модели, изображение и документация белковых структур
Данные о строении белка
Пространственное строение
У белка, ковалентная структура которого неизвестна, можно проследить укладку основной цепи по карте электронной плотности при эффективном разрешении 3 Å. Без данных о ковалентной структуре результаты рентгеноструктурного анализа кристалла белка (карта электронной плотности) имеют ограниченное значение. При номинальном разрешении 3 Å, т. е. при эффективном* разрешении несколько хуже 3 Å, распознавание полипептидной цепи на карте электронной плотности часто неоднозначно и может привести к неверным выводам. Этим объясняются различия (часто неявные) в геометрической структуре белка, приведенной в разных публикациях. При повышении разрешения, и в особенности после уточнения структуры, цепь можно проследить однозначно. Карта электронной плотности в этом случае до некоторой степени передает индивидуальность остатков, что значительно облегчает анализ последовательности. Даже при эффективном разрешении 3 Å геометрическую структуру можно использовать для идентификации пептидных фрагментов [289], что уже весьма полезно для анализа последовательности.
При эффективном разрешении 3 Å карта электронной плотности позволяет с достаточной точностью найти положения Са-атомов. Обычно координаты Са передаются в «банк» данных о белках [390], откуда их можно получить, послав соответствующий запрос. Эти координаты используются также для записи свертывания цепи с помощью точных стереоизображений (разд. 7.2). Документа для некоторых способов свертывания цепей выполняется только с помощью структурных эскизов.