Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Статистическая механика перехода спираль - клубок
Модель Зимма - Брэгга для перехода спираль - клубок

Член, учитывающий взаимодействие ближайших соседей, вводится в упрощенную формулу. Зимм и Брэгг [789] применили модель Айзинга к переходу спираль — клубок гомополипептидных цепей. Для этой цели они разделили конформационное пространство на две области аR или «а», но не aR или «клубок». Кроме того, они использовали приближенное уравнение (А.4), не учитывающее взаимодействия остаток — остаток, а затем ввели член, учитывающий взаимодействие между ближайшими соседями. Для цепи, состоящей из N остатков данного типа, уравнение (А.4) принимает вид:

После перемножения получаем сумму 2N слагаемых

Для каждого возможного сочленения спираль — клубок и клубок — спираль вводится дополнительный множитель

Это можно выразить в форме

путем попарного объединения множителей и использования их только для сочленении спираль — клубок. Это допустимо, поскольку а-сегментов столь же много, как и клубковых сегментов; в том случае, если один структурный тип превосходит по числу сегментов другой, различиями пренебрегают.

Множитель а приводит к отрицательным результатам, если сочленений слишком много, и отдает предпочтение протяженным сегментам идентичной конформации. Это — альтернативное описание «кооперативности остатков идентичной конформации», или в данном случае «кооперативности остатков спиральной конформации». Можно также говорить о выгодности «нуклеаций клубка или спирали». Поэтому величину а называют «параметром неоперативности или нуклеации».



Для любых предложений по сайту: [email protected]