БИОХИМИЯ - Л. Страйер - 1984
ТОМ 1
ЧАСТЬ I. КОНФОРМАЦИЯ И ДИНАМИКА
ГЛАВА 7. МЕХАНИЗМ ДЕЙСТВИЯ ФЕРМЕНТОВ: ЛИЗОЦИМ И КАРБОКСИПЕПТИДАЗА
ВОПРОСЫ И ЗАДАЧИ
1. Предскажите относительную скорость гидролиза лизоцимом следующих олигосахаридов (буквой G обозначен остаток N-ацетилглюкозамина, буквой М-остаток N-анетилмурамовой кислоты) :
а) М-М-М-М-М-М
б) G-М-G-М-G-М
в) М-G-М-G-М-G
2. На основании данных, приведенных на рис. 7.18, предскажите, какие из участков связывания углеводов на лизоциме (от А до F) окажутся занятыми при образовании фермент-субстратного комплекса со следующими олигосахаридами (сокращения те же, что и в задаче 1):
а) G-G
б) G-М
в) G-G-G-G
3. Предположим, что при синтезе гекса-NAG гликозидный кислород между остатками сахаров D и Е мечен изотопом 18О. Где окажется этот изотоп после гидролиза гекса-NAGлизоцимом?
4. Аналог тетра-NAG, содержащий —Н вместо —СН2ОН при С-5 в остатке D значительно сильнее связывается с лизоцимом, чем тетра-NAG. Объясните, какие особенности структуры лежат в основе этой разницы в сродстве связывания.
5. Сопоставьте координационные связи атома цинка в карбоксипептидазе А и атома железа в оксимиоглобине и оксигемоглобине.
а) Какие атомы непосредственно связаны с этими металлами?
б) Каким боковым цепям принадлежат связанные с металлом труппы?
в) Какие другие боковые цепи в белках способны связываться с металлом?
6. Экспериментальные данные в пользу прямого гидролиза (рис. 7.29) пептидов карбоксипептидазой А были получены в опытах по изотопному обмену с 18O. N-бензоилглицин, меченный 18О по карбоксильной группе, инкубировали с карбоксипептидазой А. В присутствии L-фенилаланина 18О включался в Н2O. Этого не наблюдалось, если вместо фенилаланина в инкубационную смесь добавляли L- β-фенилмолочную кислоту. Предложите наиболее простую интерпретацию этого эффекта.