Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности
Методы предсказания на основе отсутствия выраженной вторичной структуры

Другой, хотя и не имеющий принципиальных отличий, подход опирается на оценку склонности аминокислот образовывать элементы вторичной структуры (а-спирали, ß-тяжи, повороты). В его основе лежит предположение, согласно которому протяженные области (более 70 последовательных аминокислотных остатков), не обладающие прогнозируемой правильной вторичной структурой, являются структурно неупорядоченными (Liu and Rost 2003). Показатели производительности для метода прогнозирования NORSp сравнимы с аналогичными значениями для других методов. Однако следует отметить, что существуют белки, которые отличаются высокой упорядоченностью и при этом состоят исключительно из неповторяющихся локальных структурных элементов (их также называют петлевыми белками (Liu et al. 2002)), а также БПН, которые содержат переходные локальные структурные элементы (Fuxreiter et al. 2004). Тенденция последних образовывать упорядоченную структуру хорошо поддается прогнозированию, что составляет принципиальное ограничение для прогнозов на основе описанного выше принципа.