Основы биоинформатики - Огурцов А.Н. 2013

Список условных обозначений

ASCII American Standard Code for Information Interchange - Американский стандартный код обмена информацией (АСКОИ) определяет 128 знаков, которым присвоены номера 0-127.

ВАС Bacterial Artificial Chromosome - Бактериальная искусственная хромосома.

BIOS Basic Input-Output System - Базовая система ввода-вывода (БИОС).

BLAST Basic Local Alignment Search Tool.

BLOSUM BLOcks Substitution Matrix - Матрица для расчёта весов для замен в аминокислотных последовательностях.

BSML Bioinformatic Sequence Markup Language - Язык разметки последовательностей в биоинформатике.

CERN От фр. Conseil Еигорёеп pour la Recherche Nucleaire - Европейский совет по ядерным исследованиям (ЦЕРН) http://public.web.cem.ch/public/

CORBA Common Object Request Broker Architecture - Общая архитектура брокеров объектных запросов.

dbEST Database of Expressed Sequence Tags - База данных ярлыков экспрессируемых последовательностей http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest

DBMS Database Management System - Система управления базами данных (СУБД).

DDBJ DNA DataBank of Japan - Японский банк ДНК http://www.ddbj.nig.ac.jp/

EMBL European Molecular Biology Laboratory — Европейская лаборатория молекулярной биологии: http://www.embl.de/

EST Expressed Sequence Tags - Маркерные экспрессирующихся последовательностей или ярлыки экспрессируемых последовательностей.

ExPASy Expert Protein Analysis System - Экспертная система анализа белков - первый веб-сервер молекулярной биологии http://www.expasy.org

FASTA Fast Allignment - Быстрое выравнивание (ФАСТА).

FASTP Алгоритм "ФАСТП".

FDA Food and Drug Administration

FISH Fluorescence In Situ Hybridization - Флуоресцентная гибридизация in situ - метод, который применяют in situ для детектирования и определения положения специфической последовательности ДНК на хромосомах.

FTP File Transfer Protocol - Протокол передачи файлов.

GI Genlnfo Identifiers - Регистрационные номера "ГенИнфо" биологических последовательностей, внесенных в Entrez NCBI.

HGP Human Genome Project - Проект "Геном человека".

НММ Hidden Markov model - Скрытая марковская модель (СММ).

HTMF HyperText Markup Language - Язык разметки гипертекста.

HTTP Hypertext Transfer Protocol - Протокол передачи гипертекстовых файлов.

HUGE HUman Genome Equivalents - Количество информации, содержащееся в геноме человека.

IDE Interface Definition Language - Язык описания интерфейсов.

NBRF National Biomedical Research Foundation - Национальный фонд биомедицинских исследований США.

NCBI National Center for Biotechnology Information - Национальный центр биотехнологической информации.

NHGRI National Human Genome Research Institute — Национальный институт исследования генома человека.

NIH National Institute of Health - Национальный институт здоровья: http://www.nih.gov/

NLM National Library of Medicine — Национальная медицинская библиотека.

ORF Open Reading Frame - Открытая рамка считывания.

PAGE Polyacrylamide Gel Electrophoresis - Электрофорез в полиакриламидном геле.

РАМ Percent Accepted Mutation - Проценты точечных мутаций.

PCR Polymerase chain reaction - Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

PDB Protein data bank - Банк белковых данных: http://www.pdb.org/

PERL Practical Extraction and Reporting Language - Практический язык извлечения данных и формирования отчетов.

PFGE Pulsed Field Gel Electrophoresis - Электрофорез в

пульсирующем электрическом поле. Метод разделения крупных (до 10 Мbр) фрагментов ДНК.

PHI-BLAST Pattern Hit Initiated BLAST - Программа поиска белков, содержащих определённый пользователем паттерн.

PIR Protein Information Resource - Ресурс информации о белках: http://pir.georgetown.edu/

PRF База белковых данных Protein Research Foundation (Osaka): http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?prf

PSI-BLAST Position specific iterative BLAST - Программа сравнения с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством.

RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism - Полиморфизм длины рестрикта - полиморфизм длин рестрикционых фрагментов в одинаковых локусах гомологичных хромосом.

SAGE Serial Analysis of Gene Expression - Серийный анализ экспрессии генов

SDS-PAGE Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis -

Двумерный электрофорез белков в полиакриламидном геле в присутствии додецилсульфата натрия.

SeqDB The Sequence Database - База данных нуклеотидных последовательностей:

http://pgrc-35.ipk- gatersleben.de/portal/page/portal/PG_BICGH/P_BICGH/P_BICGHRESOURCES/SeqDB

SGML Standard Generalized Markup Language - Стандартный обобщённый язык разметки.

SNP Single Nucleotide Polymorphism - Однонуклеотидный

полиморфизм или Полиморфизм отдельного нуклеотида - отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид.

SRS Sequence Retrieval System - Система выборки последовательностей: http://srs.ebi.ас.uk/

STS Sequence Tagged Site - Ярлык, определённый последовательностью или Меченый участок последовательности.

Swiss-Prot База данных белковых последовательностей Шведского

Института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics, http://www.isb-sib.ch/):http://www.expasy.org/sprot/

TCP Transmission Control Protocol - Протокол управления передачей.

TCP/IP Transmission Control Protocol /Internet Protocol - Протокол управления передачей (данных) / Интернет-протокол.

URL Uniform Resource Locator - Унифицированный указатель (информационного) ресурса.

UTR UnTranslated Region - Нетранслируемые области.

VNTR Variable Number of Tandem Repeat - Переменное число тандемных повторений.

XML Extensible Markup Language - Расширяемый язык разметки.

YAC Yeast Artificial Chromosome - Дрожжевая искусственная хромосома.