Практическая химия белка - А. Дарбре 1989

Определение состава белковых олигомеров. Получение мономеров и полипептидных цепей
Стехиометрическое соотношение мономеров в олигомере

Для определения стехиометрического содержания мономеров в олигомерных белках используется ряд методов. Выбор метода анализа определяется как особенностями состава олигомера, так и техническими возможностями исследователя. Ввиду трудоемкости многих методов и недостаточной достоверности получаемых таким образом результатов при анализе состава олигомера надо сопоставлять данные разных методов. Часто соотношение мономеров рассчитывают на основании молекулярных масс интактного олигомера и составляющих его мономеров. Все более широкое применение находит модификация субъединиц путем сшивания бифункциональными реагентами. С целью получения гибридных олигомеров, которые затем исследуют методом электрофореза в ПААГ, проводят конденсацию мономеров, выделенных из других биологических видов или предварительно модифицированных химическими реагентами. Применение таких искусственных приемов, как получение гибридных олигомеров и сшивания мономеров, обычно ограничено олигомерами небольшого размера, включающими несколько субъединиц. Для исследования олигомеров, состоящих из субъединиц разных типов, используют метод диссоциации с последующим анализом методом электрофореза в ПААГ, денситометрию белков, окрашенных кумасси, введение радиоактивной метки. Если удалось оценить молекулярные массы олигомера и мономеров, несложно рассчитать абсолютное количество субъединиц. С целью определения соотношения мономеров может применяться и аминокислотный анализ.

Поскольку при определении молекулярных масс белков ошибки могут достигать существенной величины, полученные данные следует оценивать с известной осторожностью. Важное значение имеет симметрия молекулы олигомера. Наиболее часто встречаются димерные и тетрамерные структуры, вместе с тем есть множество примеров гексамеров, октамеров и додекамеров. Известно всего несколько работ, где упоминается о существовании тримеров, пентамеров и гептамеров [63]. Таким образом, если расчеты показывают, что олигомер включает одиннадцать мономеров, вероятнее всего, мы имеем дело с артефактом. О структуре крупных олигомеров судят по данным рентгеноструктурного анализа и электронной микроскопии [13, 131].