Практическая химия белка - А. Дарбре 1989
Определение состава белковых олигомеров. Получение мономеров и полипептидных цепей
Стехиометрическое соотношение мономеров в олигомере
Определение состава олигомера по молекулярным массам мономеров
Если молекулярные массы олигомера и мономера установлены, например с помощью методов, рассмотренных в разд. 1.2 и 1.3.1, состав олигомера рассчитать несложно. Например, если олигомер с молекулярной массой Мr включает мономеры двух типов а и р (молекулярные массы Ма и Мβ), то состав его рассчитывают по формуле
nаМа + nβМβ = Мr
где nа и nβ — число субъединиц а и ß. Следует помнить, что даже в самых благоприятных случаях ошибка определения молекулярных масс олигомера и мономеров составляет 5—10%. Кроме того, следует критически относиться к абсолютной точности таких эмпирических методов, как электрофорез в ПААГ — ДСН и гель-фильтрация. Исследуемые белки могут иметь иные по сравнению с белками-маркерами гидродинамические свойства или необычный состав, что существенно повлияет на их поведение в процессе анализа.
Рассмотрим, в какой мере ошибки в 5 и 10% повлияют на оценку числа субъединиц. Для олигомера с молекулярной массой 300 000, содержащего 6 субъединиц с молекулярной массой 50 000, при ошибке в 5% расчет дает величину 5,4—6,6, и, следовательно, с достаточной достоверностью можно считать, что речь идет о гексамере. Однако при ошибке 10% расчет дает величину 4,9—7,3, т. е. число мономеров можно принять равным 4, 6 или 8. Достоверность определения стехиометрического соотношения мономеров ухудшается, если в состав олигомера входит 2 и более различных типов мономеров.