Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014
Динамика белков: от структуры к функционированию
Методы предсказания функциональных мод
Модели эластичных сетей
Модели эластичных или гауссовых сетей (Elastic or Gaussian network models, ENM) (Tirion 1996) - это, по сути, упрощение анализа нормальных мод. Обычно вместо полноатомного представления белка учитывают только его Са-атомы. Это означает десятикратное уменьшение числа частиц, что резко снижает вычислительные затраты. Более того, поскольку считается, что исходные координаты соответствуют основному состоянию, то минимизация энергии не требуется.
Потенциальная энергия рассчитывается согласно формуле
где у обозначает константу жесткости, a RС - радиус отсечки. По сравнению с сильными допущениями, присущими анализу нормальных мод, такие упрощения не приводят к значительной потере качества. Это обстоятельство вместе с относительно низкой вычислительной стоимостью объясняет популярность таких моделей эластичных сетей в настоящее время. Реализации алгоритмов ENM также представлены на веб-серверах, таких как ElNemo (Suhre and Sanejouand 2004a, b) (http://www.igs.cnrs-mrs.fr/elnemo/) и AD-ENM (Zheng and Doniach 2003; Zheng and Brooks 2005) (http://enm.lobos.nih.gov/).